La crypte Saint-Benoit
Edifiée à flanc de coteau sur la face Nord du rocher, dont la pente est très sensible, l'église abbatiale repose sur la crypte qui a pour fonction première de rattraper la déclivité naturelle du sol. Adaptée à la configuration du terrain, elle est presque entièrement troglodyte sur sa face Sud, tandis qu'elle s'appuie sur de fortes substructions au Nord.
Unique en Provence, elle offre un plan concentrique constitué d'un transept avec plusieurs absidioles ouvrant sur une rotonde centrale entourée d'un déambulatoire et de chapelles rayonnantes.
En venant de l'extérieur à travers le cimetière rupestre, l'accès se fait par une petite porte donnant sur le déambulatoire.
C'est un couloir haut et étroit dont la voûte est en berceau appareillé. Au centre, une travée rectangulaire conduit à la rotonde coiffée d'une coupole, dont les murs épais sont percés de 5 baies en plein cintre ouvertes chacune dans l'axe des 5 chapelles rayonnantes, transférant à l'ensemble du dispositif une transparence symbolique baignée de mystère.
Chaque absidiole est en elle-même un petit sanctuaire en réduction, comprenant une travée de choeur en berceau, ouvrant sur l'abside voûtée en cul-de-four. Elles reçoivent par une étroite fenêtre axiale le premier rayon du soleil levant qui éclaire directement l'autel.
Le transept côté Sud est directement creusé dans le rocher dont le front de taille est resté brut sur les parois. En revanche, son autre extrémité repose sur des fondations massives accrochées au flanc de la montagne. Ces impératifs de stabilité du sol sont à l'origine de la spéctaculaire inégalité de largeur des 4 doubleaux qui supportent les voûtes.
Ce qui devait être la nef centrale de la crypte se présente comme une sorte de couloir en pente raide dont la qualité de la voûte en berceau appareillé avec soin laisse supposer qu'il était destiné progressivement à être déblayé au fur et à mesure de l'avancement des travaux. Aujourd'hui, c'est par cette montée rapide que l'on accède à l'église supérieure.
De nombreuses marques de tâcherons sont présentes sur les piliers et les arcs. Elles constituent la signature des tailleurs de pierre et permettaient leur rémunération à la pièce.
Selon la tradition, un fragment de la "Vraie Croix" serait parvenu à Arles dès le IVème siècle et serait à l'origine de la relique que possédait Montmajour. La vénération solennelle en aurait été établie en 1030, lorsque l'archevêque d'Arles consacra à la Sainte Croix la crypte de l'église abbatiale, accordant l'absolution aux fidèles qui viendraient en pélerinage le 3 Mai (et qui laisseraient bien sûr une offrande pour l'achèvement de la basilique, on sait comment ça se passe... sans commentaires.)
Malgré les difficultés d'accès en barque à travers les marais, le pardon de Montmajour prit une telle ampleur qu'au XIIème siècle, les moines durent édifier à l'extérieur de la clôture une chapelle reliquaire, la chapelle Sainte-Croix, afin de pouvoir accueillir la foule des pélerins.