Selon les traditions, c'est vers le milieu du VIIème siècle à Athènes, que naquit saint Gilles, de son nom grec Aegidius. Très vite, il s'illustra par des miracles mais du fuir sa renommée et aborda en Provence. Plus tard, on le retrouve à Orléans, Rome, Nuria (en catalogne) , où il sculptera une vierge pour les bergers, et où par la suite son culte se développera.
Il se retire ensuite dans une forêt au sud de Nîmes, où il vivra en ermite. Il sera chaleureusement accueilli à Arles, au bord du Gardon, par saint Vérédème avant de se retirer en ermite dans la vallée Flavienne. Sa seule compagnie sera une biche qui le nourrira de son lait. C'est elle qui provoqua la rencontre de saint Gilles et du roi Womba :
Au cours d'une chasse, poursuivie par la meute royale, elle vint se réfugier auprès du solitaire. Wamba découvrit saint Gilles blessé par la flèche d'un chasseur. Emu, il lui offrit la vallée Flavienne pour y bâtir un monastère.
Devenu abbé, saint Gilles conseille les plus grands, pape et rois. On raconte qu'un grand personnage lui avait demandé l'absolution pour un très grand péché (ce fut, selon la tradition, un inceste de Charles Martel ou Charlemagne : ce qui n'est pas possible au yeux de l'histoire, les dates ne correspondant pas. Il faut voir dans cet épisode la symbolique du geste et le désir de faire correspondre les miracles à de grands personnages : alors que saint Gilles célébrait la Messe, un ange plaça sur l'autel un parchemin où était consignée la faute. Au fur et à mesure du déroulement de l'office, les traces écrites du péché s'effacèrent sur le parchemin.)
Placé sous la juridiction de Rome, le monastère autour duquel se bâtit la ville (actuellement Saint-Gilles du Gard), connut un très grand rayonnement. Dédié à saint Pierre et saint Paul, l'édifice verra mourir l'ermite le 1er Septembre 720 ou 721. Il se peut que le bâtiment ait été construit sur l'emplacement d'un ancien oppidum.
Son culte se répandit rapidement, de nombreux pélerins venus de pays lointains (Flandres, Danemark, Hongrie, Norvège, Pologne...) s'acheminèrent vers son tombeau, invoquant saint Gilles contre la peur et le feu, pour la guérison des maladies nerveuses et pour la protection des enfants. Mais le monastère, encore vers l'an 900, ne portait pas le nom de saint Gilles.
Plus tard, des villes et villages en France et à l'étranger portèrent son nom et plus de 2 000 églises le désignèrent comme patron.
Le saint, dont la première "vita" connue fut écrite vers l'an mil, a son tombeau dans la crypte. En 1050, ce lieu devint l'un des 4 plus importants pélerinages de la chrétienté, après Jérusalem, Rome et Saint-Jacques.
En 1066, le monastère est affilié à Cluny, et en 1096, Urbain II consacre l'autel de la nouvelle église. En 1116, l'abbé Hugues rouvre le chantier de l'abbaye. De 1132 à 1179, c'est la période de prospérité. Le port sur le Rhône est en plein essor, marchands, croisés et pélerins animent la cité aux 7 paroisses. En 1208, l'assassinat du légat du pape Pierre de Castelnau envoyé pour enrayer l'hérésie cathare provoque le début du déclin. En 1226, l'abbaye est soumise au roi de France.
Gilles est le saint patron des infirmes, des lépreux, des mères allaitantes (par référence à la biche qui le nourrissait de son lait), des maréchaux-ferrants et même des écoliers. La simple invocation de saint Gilles efface tous les pêchés.