Le transept

Le transept est long de 64 mètres. Son organisation générale est semblable au nord et au sud. Les portails sont entourés de baies. On trouve également quatre baies cintrées, séparées par des contreforts, au-dessus des portails. Côté nord, les portails sont murés. Côté sud, la porte des Comtes.

Dans le croisillon nord (9), on trouve des fresques romanes dans la première travée du collatéral ouest et dans la dernière du collatéral est.

On peut également observer un sarcophage paléochrétien (de Guillaume Taillefer, Comte de Toulouse) datant de la fin du IVème siècle ou du début du Vème.
Il provient de l'enfeu des comtes où il a été remplacé par un moulage. La cuve et le couvercle ne correspondent pas en taille, impliquant leur appartenance respective à plusieurs sarcophages, qui viennent probablement de la nécropole paléochrétienne de Saint-Sernin, dans le sous-sol du musée Saint-Raymond, où une partie de ce cimetière antique a été mise à jour.

L'autel roman de 1096 (10), réplique de celui se trouvant dans le choeur, nous est présenté.