Alors que le christinanisme devient la religion officielle de l’empire romain, les premiers bâtiments cultuels sont construits. L’ancien cimetière paléochrétien (IIIème-IVème siècles) est appelé communément la "crypte" par les Narbonnais.
Aménagée autour de colonnes romaines en réemploi, cette "cella memoriae" remise à jour en 1946, se divise en salle de sarcophages et salle de banquets funéraires.

Le sol, décoré de mosaïques des IIème et IIIème siècles fut cassé pour y descendre six sarcophages (cinq en marbre, un en pierre) du IIIème et Vème siècles,  illustrant différents courants artistiques de l’art funéraire.

Le plus célèbre, dit de l’école d’Arles, retaillé dans un marbre antique,  est le mausolée d’une riche famille romaine, dont les défunts sont représentés sur le couvercle de part et d’autre d’un cartouche et encadrés par la Lune (Isis-Séléné) et le Soleil (Sérapis-Hélios).

Une des faces de la cuve porte des strigiles caractéristiques. Ces cannelures en forme de S cernent une Victoire gravant sur un bouclier une inscription énigmatique :  Lege Feliciter, lis heureusement. C'est à dire, comme au Puy, "regarde bien..."
C’est probablement l'un des plus anciens témoins de la Gaule chrétienne.

La crypte abrite également des amphores contenant des ossements d’enfants, une pratique très courante dans l’Antiquité tardive pour les plus jeunes d’entre eux (jusqu’à 4-5 ans).

Cette chapelle appartenait à l'origine aux chevaliers de Saint-Jean de Jérusalem, dont la présence est attestée à Narbonne dès 1149. Avant eux, elle était la chapelle hors les murs des templiers de Narbonne. L'édifice est probablement de souche romane, des éléments de la nef dénotent des remaniements intervenus au début du XIIIème siècle.

A une époque indeterminée, antérieure au XVIIème siècle, son orientation est inversée. Le choeur, jusqu'alors correctement situé à l'Est, permute avec le porche d'entrée.

C'est en 1592 que la confrérie des pénitents bleus prend possession de la chapelle. Des travaux importants y sont effectués au début du XVIIème siècle : tribune, autel, puis surtout, à partir de 1725 et jusqu'à la veille de la révolution, décors et façade d'inspiration baroque. Après l'extinction de la  confrérie au XVIIIème siècle, la chapelle servira d'annexe paroissiale. L'édifice a été acquis par la ville de Narbonne en 1974, et sert à diverses expositions.