La crypte semi souterraine de Cruas s’étend sous le chœur monastique, c'est-à-dire l'ensemble des trois absides et du transept. C’est l’endroit le plus ancien de l’abbatiale, édifié au milieu du XIème siècle.
Sa vocation était de permettre aux fidèles et aux pèlerins de vénérer les reliques de saint Torquat et de saint Josserand. Le premier fut l’un des plus grands évangélisateurs de la région et premier évêque de Saint-Paul-Trois-Châteaux au IVème siècle, le second l’un des premiers moines de l’abbaye de Cruas au IXème siècle.
Elle est située en léger contrebas de l’église basse, et les fenêtres s'ouvrent sur l'extérieur au ras du sol de l’ancien cimetière. A l’époque de sa construction, elle communiquait de pleins pieds avec les bas-côtés de l'abbatiale.
Elle est de type crypte halle divisée en deux vaisseaux transversaux et se termine dans sa partie la plus orientale par trois absides semi-circulaires. Les voûtes d’arêtes reposent sur des colonnes monolithiques et piles rectangulaires décorés de chapiteaux de forme cubique travaillés dans un style primitif, archaïsant.
Les thèmes représentés sont riches et multiples, tantôt empruntés au répertoire antique : volutes, rosettes, feuilles d’acanthe stylisées, crocettes en volutes d’angle, tantôt à l’art païen : rouelles, figures géométriques 
et un bestiaire naïf représentant des animaux domestiques : coq, poule, âne, loup… 
Plusieurs chapiteaux présentent des figures géométriques intrigantes. Il m’a semblé y voir la représentation de la triple enceinte druidique.
Beaucoup de roues solaires, au nord de la crypte, illuminant l’endroit le plus sombre. La roue est symbole du mouvement et de la vie, des cycles terrestres et cosmiques, énergie en circulation.
Un chapiteau animalier représente un coq, côté est tourné vers l’autel, un âne côté nord aux pieds humains, un loup côté sud. 
Le coq annonce l'aube et donc l'arrivée de la lumière. Par extension, il est celui qui annonce la libération, le passage des ténèbres à la clarté.
L’âne représente l’homme dans ses passions qu’il faut maîtriser.
Le loup est l’équivalent lunaire du lion solaire… au sud. La gueule du loup est un puissant symbole initiatique, le loup dévorant le novice (mort), puis le rejetant une fois initié (renaissance).
Un seul chapiteau accueille une représentation humaine, celle d’un orant stylisé. Ce chapiteau est le plus chargé en énergie de toute l’abbatiale. Les mains du personnage sont démesurées, touchant le ciel.
De côté, tournée vers l'autel, la roue solaire à 6 rayons. 
Derrière lui, l'ancien maître-autel de l'abbatiale, sur lequel est posée une piéta. Cette statue date probablement du XIIème siècle, et fut retrouvée lors des fouilles. 
