Montsaun_s_10L'intérieur de la chapelle est décoré de fresques peintes à "fresco secco" datant du début du XIIIème siècle,  présentant des scènes figurées et un grand nombre de figures géométriques. Des personnages, apôtres et prophètes, sont placés sous les arcades proches du chœur.
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Montsaun_s_1La voûte est décorée de motifs géométriques en ocre rouge sur fond blanc : semis d'étoiles, rosaces, croix du Temple, damiers, chevrons, rubans ou festons. Illustrations d'une symbolique hermétique, elles n'ont encore pas donné leur secret.
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Montsaun_s_9aMme Laborde , dans son article "L'Église des Templiers et les vestiges du château de Montsaunès", paru dans la Revue de Comminges n°92, en 1979, nous donne le mot de la fin :






Montsaun_s_12« On ne peut nier qu'une grande partie du décor peint de Montsaunès est en dehors des programmes ordinaires. Sans cacher l'influence de nombreux ouvrages à sensation traitant des rites secrets de l'Ordre, il n'y a pas de légendes sans fond de vérité, et on ne peut pas rejeter l'hypothèse que certains éléments de l'Ordre aient été impressionnés par des croyances ésotériques plus ou moins orthodoxes.
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Montsaun_s_14Si la plupart des Templiers étaient des religieux sans culture, sans formation théologique, d'autres se situaient à un niveau différent. Les Templiers furent souvent en relations non guerrières avec les mondes musulman et juif. La chrétienté médiévale elle-même abritait de nombreux groupes clandestins, cultivant l'ésotérisme dans une symbolique hermétique, dont la voûte de Montsaunès est, peut-être, une illustration...»