C'est une annexe de l'archibasilique. Ce sanctuaire, ancienne chapelle privée des papes ou Sancta Sanctorum, était reliée au palais pontifical. A la suite du départ des Papes pour Avignon en 1313, le palais primitif du Latran ayant été démoli et remplacé, il resta isolé, bien que faisant toujours partie de la basilique.
La Scala Santa
On donne ce nom à l'escalier montant directement en face de la porte principale du sanctuaire. De chaque côtés, d'autres escaliers à l'usage du commun des mortels, donnent accès à l'étage supérieur.
Cet escalier, appelé auparavant Scala Pilati et que le pape Sixte V plaça là lorsqu'il fit construire l'édifice englobant le Sancta Sanctorum, constitue la partie la plus importante du bâtiment. Ayant appartenu au palais habité par Ponce Pilate à Jérusalem, il faisait partie du tribunal ou prétoire de ce gouverneur, et le Christ l'aurait gravi à plusieurs reprises. Hélène, mère de Constantin le grand, le fit venir à Rome.
Il comporte 28 marches en marbre, à l'heure actuelle recouverte d'estrades de bois. À plusieurs endroits, des panneaux de verre dans le bois laissent voir des taches dans le marbre : des gouttes de sang du Christ, répandu quand il a monté l'escalier. Il se monte à genoux, et rapporte l'indulgence pour ses péchés, à défaut de 100 jours par marche.
Le Sancta Sanctorum
Ce nom désigne la chapelle placée au sommet de la Scala Santa, que l'on voit à travers des barreaux de fer.
Ce nom fait référence au Saint des Saints du temple de Jérusalem, où seul le grand prêtre peut entrer : c'est une chapelle privée pour le Pape. Au-dessus de l'entrée de l'abside se trouve l'inscription NON EST IN TOTO SANCTIOR ORBE LOCUS, "il n'y a pas lieu plus saint au monde".
Cette chapelle, que l'on dit construite pour Fausta, femme de Constantin, est l'unique reste de l'ancien Patriarcat du Latran et date du VIIIème siècle. Elle fut décorée au XIIème siècle par les Cosma. Ce fut saint Sylvestre qui consacra le premier ce lieu, et l'autel érigé en cet endroit fut à l'origine dédié à saint Laurent. De nos jours encore, c'est un autel sur lequel seul le pape peut célébrer.
Actuellement, cette chapelle, toujours fermée, ne s'ouvre que lorsque les chanoines de la basilique de Saint-Jean-de-Latran vont découvrir ou voiler l'image, et en ces circonstances même, elle reste encore fermée aux femmes, étant de clôture papale. 
Cette chapelle était autrefois utilisée comme trésorerie du palais des papes, et aurait contenu des reliques comme un morceau de pain de la Cène, le manteau se saint Jean-Baptiste, l'épaule de saint Matthieu, le menton de saint Barthélémy, et les têtes des saints Pierre, Paul , Agnès et Euphemia.
L'Image Achiropite
Ce mot derive du grec "acheiropoiétès" qui signifie "non fait de main d'homme". La légende dit que cette icône aurait été exécutée par un agent céleste. Elle fut apportée de Constantinople à Rome lors des persécutions des iconoclastes sous le pontificat de Grégoire II.
Peinte sur une planche épaisse, elle fut recouverte de lames d'argent et l'on ne voit plus que la tête et les pieds du Christ.
La tradition l'attribue à saint Luc par l'intermédiaire d'un ange.
