San Clemente, la basilique du XIIème siècle

Le dernier niveau de San Clemente, celui auquel on accède directement par la piazza San Clemente, date du XIIème siècle. On y pénètre par un prothyron, comme à Santa Maria in Cosmedin, qui donne accès à une cour entouré sur trois côtés par un portique à colonnes ioniennes, située exactement au-dessus de celle du IVème siècle.

Cette cour est l'unique atrium médiéval connu à Rome, et possède une fontaine de purification.

Les parties supérieures et le toit, plus tardifs, ont été érigés par Carlo Fontana, dans le style baroque. On doit également à l'artiste la façade, sur la via San Giovanni in Laterano, dont le pignon à volute supporte le clocher également baroque. C'est au niveau de cette église qu'aurait accouché la légendaire papesse Jeanne.

La basilique suit le plan de l'église inférieure et se compose d'une nef centrale et de deux bas-côtés.

Le mur, près de la sacristie, incorpore les arcs de l'ancienne nef.

Plusieurs chapelles, dont celle de sainte Catherine, ont été construites sur les bas-côtés. Des fresques attribuées à Masolino da Panicale (1384-1447) et à son élève Masacciore présentent le martyr de Catherine, ainsi qu'un saint Christophe émouvant.

Un beau candélabre du XIIème siècle se dresse au niveau du choeur, et un autel sur la gauche contient les reliques de saint Servulus (VIème siècle).

La disposition typique d'une église paléochrétienne est reconnaissable : l'autel sous le tegurium, la cathèdre de l'évêque sur un podium au fond de l'abside, l'ambon pour la lecture des écritures, l'autel formant un tout avec la tombe d'un martyr, et la schola cantorum.
Sous le maître-autel se trouve la confession, ou tombeau du martyr, contenant un reliquaire des restes de saint Clément et de saint Ignace d'Antioche.

Le tegurium (petit édifice à plan carré qui, depuis le temps de Constantin, s’élève au-dessus de l’autel) a probablement appartenu à l'autel édifié par Jean II (514-523 : anciennement nommé Mercurius, il changea son nom à consonance païenne en celui de Jean) dans l'église du IVème siècle, même si les colonnes sont du XVème. Plusieurs éléments en ont été retrouvés, encastrés dans les fondations de la schola. Deux des anciens piliers encadrent la tombe du cardinal Venerio (XVème siècle).

La schola cantorum fut transférée de la basilique de 1100. Il semblerait que son pavage, ainsi que le candélabre torsadé, soit l'oeuvre de la famille Cosma. (voir Santa Maria in Cosmedin)
Don du pape Jean II, les panneaux de marbre blanc qui séparaient l'autel du reste de l'église portent encore son monogramme.

Sur ces panneaux, la symbolique est importante : nous retrouvons les colonnes carrées les entourant avec la représentation d'une tige portant des fleurs, aux nombres significatifs (voir piliers de l'église d'Avenas).

L'abside est surmontée d'une fresque du XIIème siècle représentant les apôtres, elle même surmontée par une mosaïque exceptionnelle.

Elle est décorée dans la tradition du IVème siècle, ce qui fait dire qu'elle est inspirée de l'ancienne mosaïque de la basilique inférieure.

Un bel arbre de vie à la base se termine par croix plantée sur la colline du paradis d'où jaillit le fleuve qui se sépare en 4 bras : Phison, Gehon, Tigris et Euphrates. Nous retrouvons aussi un bestiaire connu et très symbolique, avec les colombes, les cerfs, les paons, l'agneau et le phénix.

Le seul élément n'ayant pas un caractère typiquement protochrétien reste la crucifixion. La vigne tient une place importante. Instrument d'initiation ?