Le choeur
Le chœur, enserré par une clôture, est inaccessible. Il est surmonté d'une coupole sur trompes juste en dessous du clocher. Les piliers centraux ont été de nombreuses fois renforcés pour soutenir le clocher qui a pris de l'élévation au cours des siècles. Il a reçu, au XVIIIème siècle, un décor baroque. En arrière de l'autel, un retable, réalisé en 1720 par Marc Arcis, présente la scène du martyre du saint toulousain.
Le grand baldaquin qui s'élève au-dessus de la châsse de saint Saturnin remplaça au milieu du XVIIIème siècle une construction gothique dont nous retrouverons le soubassement dans la crypte supérieure.
Le maître-autel (8) se trouvait dans le chœur au XIème siècle, vraisemblablement dans le rond-point, au-dessus de la crypte abritant le tombeau de saint Saturnin. Depuis 1952 à la croisée du transept, il est élevé sur un podium entouré de belles grilles en fer forgé du XVème siècle.
De dimensions exceptionnelles (2,23 m X 1,34 m), cette table d'autel se rattache à une série produite dans la province ecclésiastique de Narbonne entre le IXème et le XIème siècle.
Le pape Urbain II la consacra, ainsi que l'église encore inachevée, le 24 mai 1096. Une copie est présentée dans le croisillon nord (10).
Le déambulatoire (11) ouvre sur quatre petites chapelles voûtées en cul de four et une chapelle axiale plus profonde, et possède de beaux chapiteaux historiés. On le désigne du nom évocateur de "tour des corps saints" car il présentait à la vénération des fidèles une part des très nombreuses reliques que l'église s'enorgueillissait de posséder.
On trouve sur la clôture du chœur côté déambulatoire des motifs gravés dans le marbre, dont le fameux Christ en majesté du XIIème siècle issu de l'atelier de Bernard Gelduin.
Les sept bas-reliefs de marbre de la fin du XIème siècle devaient décorer la porte de la basilique primitive, avant la construction du narthex.
le Christ fait donc partie d'un grand bas-relief de marbre, peint à l’origine, de 1,10 m de hauteur sans le socle. Il est encadré par deux anges de mêmes dimensions, sculptés vers 1096. Quatre autres bas-relief plus grands, deux anges et deux apôtres sont également encastrés.
C’est un Christ en majesté, c’est-à-dire représenté assis sur un trône et de face. Le R gravé sur la croix du nimbe est l’abréviation de rex (roi). Cette croix porte aussi alpha et oméga, première et dernière lettre de l’alphabet grec, le début et la fin de toute chose. Pax Vobis est inscrit sur le livre qu'il tient de la main gauche, la main droite bénissant. Il est entouré d’une mandorle, avec aux quatre coins un aigle, un lion, un taureau et un homme ailé, symboles des quatre évangélistes Jean, Marc, Luc, Mathieu.
De part et d’autre du Christ se trouvent deux anges, un chérubin et un séraphin identifiables grâce à l’inscription gravée sur l’arcade, au-dessus de leur tête. Ils forment, avec les deux autres anges plus grands placés dans le déambulatoire, une sorte de garde d’honneur.
Les deux apôtres, vêtus dune toge à l’antique, les évangiles dans la main gauche, regardent le spectateur qu’ils bénissent de la main droite.